يكي از زير مجموعه هاي مديريت هر سازمان معاونت هماهنگی است كه در راستای ماموریت سازمان وظیفه بسترسازی و بهبود عملکرد سازمان در حوزه های مختلف را بر عهده دارد. حوزه های مختلف فعالیت اين معاونت عبارتند از: 
برقراری ارتباط و تقویت همکاری و هماهنگی سایر گروه ها، نهادها و معاونت‌هاي مختلف 
مشاركت در برنامه ریزی فعالیت‌های مجموعه
نظارت و ارزیابی پیشرفت و تحقق برنامه ها و اهداف
بهبود کارایی واثر بخشی فعالیت هاي مجموعه از طریق تقویت سیستم ها و روش های مدیریتی و فناورانه 
معاونت هماهنگي موظف است با برقراری ارتباط موثر معاونت هاي دیگر موثر و فعال در موضوع فعالیت سازمان، بستر و زمینه همگرایی منابع و تلاش ها را فراهم نموده و از این طریق فرایند کلان نوسازی را در راستای راهبرد کلان سازمان تقویت و تسهیل نماید. در همین راستا شناسایی مشکلات و موانع در حوزه های مختلف فعالیت سازمان و برنامه ریزی برای رفع آنها و یا تقویت عملکرد های موثر، از وظایف دیگری است که به معاونت هماهنگي واگذار شده است.
یقیناً شناسایی موانع و مشکلات فرا روی سازمان و تقویت عملکرد مثبت آن نیازمند ارزیابی، پایش و نظارت موثر و مداوم بر اجرای برنامه و تحقق اهداف و ارائه گزارش های دقیق، بموقع و موثق است. این امر بویژه در حوزه ارزیابی نتایج عملیاتی و تطابق عملکرد با بودجه در بخش های مختلف سازمان مورد توجه است. لذا معاونت هماهنگي با دریافت گزارش ها و اطلاعات مختلف از سایر بخش های سازمان تلاش می نماید گزارش های مورد نیاز مدیریت ارشد سازمان را برای کنترل عملکرد و جهت گیری سازمان فراهم نماید.
تثبیت و تقویت عملکرد های موفق و کارآمد سازمان وظیفه دیگری است که بر عهده این معاونت قرار داده شده است. معاونت هماهنگي می کوشد تا با پیاده سازی  سیستم های مدیریتی و روش‌های نوین مدیریت و تقویت استفاده و نقش فناوری اطلاعات ، تمامی توان و امکانات سازمان در جهت افزایش چابکی، اثر بخشی و کارایی سازمان بکار گیرد.